Игра Waking Mars посвящена увлекательным приключениям на поверхности красной планеты, и речь разумеется идет о Марсе. Не секрет, что после того, как астрономы открыли Марс, он начал привлекать много внимания со стороны ученых и простых смертных. Так, люди отправили на Марс целую тучу спутников, которые были предназначены для исследования планеты и поиска на ней жизни. Тем не менее, людям нечего кроме песка так и не удалось обнаружить.
Наступил 2093 год и люди решились сделать новый шаг в исследовании планеты (нужно признать что тянули они довольно долго) и отправили на поверхность Марса отряд ученых, главной задачей которых было построение базы и детальное изучение планеты. Разумеется что искать жизнь на поверхности занятие довольно сомнительное, и поэтому ученые принялись исследовать Марс изнутри. Так, в пещеру был отправлен робот-исследователь, который ко всему прочему не обделен интеллектом. Обнаруженные роботом данные произвели настоящее потрясение на ученых, и все бы хорошо но связь с роботом внезапно исчезла.
После этого люди приняли решение о создании экспедиции которая должна заняться поисками пропавшего робота. И разумеется что желающих заниматься этим опасным делом было не так уж много и как результат, на поиски железного исследователя был отправлен один единственный человек, которым и предстоит управлять игроку.
Пещеры обитаемы! Уже на первых шагах своего нелегкого пути герою предстоит встреча с местными формами жизни, среди которых числятся странные цветы, которые будут всячески препятствовать продвижению главного героя. Также будут и другие, более опасные растения, которые имеют свойство самоликвидироваться.